Можно ли, находясь на временной должности, пойти самой в декретный отпуск?

Можно. Но, как только, основной работник выйдет (наступят определенные обстоятельства, предусмотренные в качестве таковых Вашим трудовым договором), Вас автоматически уволят, несмотря на то, что Вы находитесь в отпуске по уходу за ребенком до трех лет.