Подскажите сможет ли брат после разделения счетов прописать кого-нибудь без нашего разрешения.

Сможет. В квартире будет, как минимум, два нанимателя: Вы и Ваш брат. В соответствии со статьей 57 ЖК, Наниматель вправе в установленном ЖК порядке вселить в занимаемое им жилое помещение супруга (супругу), детей и родителей, других родственников, а также нетрудоспособных иждивенцев и иных граждан, получив на это письменное согласие всех проживающих с ним совершеннолетних членов семьи. Разделение - равноценно двум различным помещениям, следовательно, согласие Ваш брат должен получать только у тех граждан, которые будут проживать на выделенной ему площади. Так как он один - следовательно, согласия просить ни у кого не нужно.